Sinopsis: Todo lo que tiene un comienzo tiene un final. Neo ha agotado su poder y está a a la deriva en una tierra de nadie. Mientras Trinity vela el cuerpo comatoso de Neo, Morfeo se enfrenta a la revelación de que el Elegido, en el que ha invertido toda una vida de fe, no es más que otro sistema de control inventado por los arquitectos de Matrix. La guerra épica entre el hombre y la máquina alcanza un tremendo clímax cuando el ejército de Zion lucha desesperadamente para contener la invasión de los Centinelas. Pero un elemento desconocido envenena las filas desde dentro: el descontrolado programa Smith ha secuestrado astutamente a Bane, un miembro de la flota. Smith, que se hace más poderoso a cada segundo que pasa, está más allá incluso del control de las Máquinas y ahora amenaza con destruir su imperio junto con el mundo real y Matrix. Con la ayuda de Niobe, Neo y Trinity deciden viajar más lejos de lo que cualquier humano se haya atrevido a ir, un peligroso viaje al exterior, a través de la abrasada superficie de la tierra y hacia el corazón de la amenazadora Ciudad de las Máquinas. En esta enorme y mecanizada metrópolis, Neo se encuentra cara a cara con el máximo poder del mundo de las Máquinas –el Deus Ex Machina– y llega a un acuerdo que es la única esperanza para un mundo agonizante. La guerra acabará esta noche, con el destino de Neo y el sino de dos civilizaciones inexorablemente unidos al resultado de esta catastrófica confrontación con Smith.